Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,785,529 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,785,529 | 0 | A | T | 100.0% | 746.9 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,785,530 | 0 | G | C | 99.7% | 740.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (172/137); minor base A (0/1); total (172/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,785,531 | 0 | T | A | 100.0% | 743.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (172/138); total (172/138) |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCAT > CP042583/1785252‑1785810 ||| gctgctGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAccagc > 2:1055682/1‑288 (MQ=255) tgTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAccagcctcagc < 1:3116707/289‑6 (MQ=255) cccGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCCAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGCTAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCTCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATTAGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAgcgaa > 1:1711465/1‑285 (MQ=255) cTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGtt > 2:447851/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |