Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,788,113 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,788,113 | 0 | A | T | 99.7% | 738.4 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (164/144); minor base G (1/0); total (165/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,114 | 0 | C | G | 99.7% | 714.7 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (162/144); total (165/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,115 | 0 | T | A | 99.0% | 733.1 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/144); minor base C (3/0); total (165/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CGTGCTAACGGTTCATCATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGGCTCTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAA > CP042583/1787833‑1788393 ||| gCTAACGGTTCATCATCGACAATTAAGACTTTAATCATGCCTCGTCCCTCCATGGTAGTCGTAACGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGTCGCTGATTGCAACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATTTCCCATg > 2:2369758/1‑289 (MQ=255) 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agcgactgcGTTATTCGGATGTACCTATCAGCCTCACAGCCGATGCATATTCCATAGTAATCGCCAACCCGTTCACTTACACTCTTATCCACCTGATTCGTCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGTTACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTggg < 2:2278956/281‑1 (MQ=255) aCGTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTc < 1:1756869/289‑1 (MQ=255) gTTATTCGGGTGTAACTATCAGGCTCACAGGCGACGCTTATTCCATAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGGTAATTCtt > 1:337120/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |