| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,788,218 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,788,218 | 0 | G | C | 99.4% | 803.5 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (181/159); minor base A (0/2); total (181/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,788,219 | 0 | C | G | 99.4% | 798.8 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (179/162); total (181/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,788,220 | 0 | T | A | 99.4% | 811.8 / NA | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (180/160); minor base C (1/1); total (181/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGGCTCTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCT > CP042583/1787946‑1788495 ||| aGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTTACCTGCAACCGCCACTGGAAGCCCCCCtt > 2:1632705/1‑289 (MQ=255) gTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCttt > 1:2322886/1‑289 (MQ=255) aTCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATCTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGTGCAATTTCTGCTGGGATAATTCTTGCAGACTATCAATGTTGACCTTCAACCGCGACTGGACGCGCGCCTTTTCa > 2:1833863/1‑289 (MQ=255) aTCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCAATGGTTACCGTTTGATACAAACAGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCAAGTCGGCCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGCTTTCAGGGTAAACGCGGGCAAGTGCTGCTGGTATAATTCTTGCGGAATAGGAAGGTTGAGCTACAACCGCCACTGAAAACGCGGCTTTCCa > 2:1064665/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |