| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,789,253 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,789,253 | 0 | G | C | 99.4% | 840.8 / ‑1.2 | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (183/169); minor base . (1/1); total (185/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,789,254 | 0 | C | G | 99.4% | 837.1 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (184/169); total (185/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,789,255 | 0 | T | A | 99.4% | 851.4 / ‑3.5 | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (184/169); minor base G (1/1); total (185/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
CATAAACAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑GCTGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATGCTATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGAATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCA > CP042583/1788983‑1789530 ||| aTAAACAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAgccg > 2:481278/1‑288 (MQ=255) aaCAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg > 1:1957552/1‑289 (MQ=255) aaCAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTAACAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg > 2:1579155/1‑289 (MQ=255) ggccgcgccgAAGGTATGTGTGACCATCATGTGGTCAGCAAGCTTAAGCACCAGACGCACCGCATCTGCATAAGGTCGTGCGATCGCAAGTATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAACGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGc < 2:1957552/288‑1 (MQ=255) 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aCCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGAAATGTGGTTAAAGCCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGCGTAATCCTCCAACGATGGT‑CGAGA‑TCTTGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATTACGATGTAAGCCGCCGGCCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccg > 2:612514/1‑289 (MQ=255) catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgactgcctct > 1:2868410/1‑282 (MQ=255) catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGT‑CGAGA‑TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgg > 1:2222424/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |