Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,790,818 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,790,818 | 0 | A | T | 98.3% | 810.3 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-02 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,790,819 | 0 | C | G | 99.4% | 812.6 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (181/163); minor base T (2/0); total (183/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,790,820 | 0 | T | A | 98.6% | 795.8 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (180/159); minor base G (0/5); total (183/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTACTGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAA‑TCACGCTAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCAC‑CGGAGCCGCCAGCGGTAGCTCGACCTTACGCACTCGCTGACCACGACTCATTCCCATACCTTTCGCAACTTCTGTCACGCTGGCATCAATCGCTCCCAGCCCGGCAAGTGTCGCCTGCAGGACGGGCAGCACACCGTAAAGGATCAAGGCGATAATCGCTGGTTGCAGACCAAAGCCGATCACCGGAACGGCGATCGCCAGCACTGCGACGGG > CP042583/1790541‑1791093 ||| tCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGAtcg > 1:1637893/1‑288 (MQ=255) ccTTTAGTTAACGTAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAGATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGAt < 2:3051810/285‑1 (MQ=255) tttCTTTAACATAAGGAGTGCAGTATGCTCATCGTTCAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCGTGTTTATGGCGTTAAGCGGAATTGGTGGCGTCAGGGTCGCATGTTATACCTTGATTTTGCGTGCTGGCTATGCGCCTGAACCAGCCTTTCCAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTGGAGGCGATCGTCGc < 2:1355623/289‑1 (MQ=255) tCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCTACCAGTAACGCCCCCTGGAGCCCCTACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGAGGATCGGCCTACCCACCCTCCTGGCCCCTACCGCTGTAGCCATCGTCGcc > 2:2723678/1‑288 (MQ=255) 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aaCATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGGGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTCCCGTTGAGGGGAtcgtcagtgtaccc > 2:247777/1‑280 (MQ=255) aCATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAAGTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCaa < 1:2184649/289‑1 (MQ=255) aGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGAt < 1:648362/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |