| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,800,934 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,800,934 | 0 | A | T | 98.9% | 866.0 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (188/175); minor base C (3/1); total (192/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,935 | 0 | G | C | 99.5% | 865.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (192/174); total (192/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,936 | 0 | C | G | 99.5% | 863.5 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (190/176); total (192/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGT‑CATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGT > CP042583/1800655‑1801207 ||| cgggAATGTTTCGCAGGGTGTATGCTGACTGGCACACAAAGGCAGACAGACTGGCGTATGGATCTCAATGCACTTATCTAACAATACGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCGGGCGGAAGGTGAAACCTTGACTTTGCTGGGGGGCGTTGCGGGGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACAt < 2:1522720/285‑1 (MQ=255)cGTGAATGATTCACAGGTGGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGCCAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAAGATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACAt < 2:199727/288‑1 (MQ=255)cGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATc > 1:1012130/1‑289 (MQ=255) tCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAAt > 1:1541343/1‑289 (MQ=255) 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tcAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCg < 2:660838/241‑1 (MQ=255) cacTTATCTCACAATATTGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGT‑Ca < 1:9303/276‑1 (MQ=255) acTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTA‑TCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTAt > 1:1225279/1‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |