| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,802,858 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,802,858 | 0 | A | T | 100.0% | 835.3 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,802,859 | 0 | C | G | 100.0% | 828.5 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (172/173); total (172/173) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,802,860 | 0 | T | A | 99.4% | 827.6 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (171/172); minor base C (1/1); total (172/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
GACCACTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGC > CP042583/1802578‑1803137 ||| aCTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTgg < 1:1284893/289‑1 (MQ=255) aCTATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTgg < 1:1355453/289‑1 (MQ=255) tATCGAAAATGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGtt < 1:2602485/289‑1 (MQ=255) aaaTGGGTAGCGTCAGGCCTGCCGTAACGCCCATTTGCTGCGCGGAATGACGGAACAGATCGCTTAAGTGCAACGCATCCTGTTGCAGGAAGGCCATCAGGTTGATGTCAGGATAAAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGACTCAACGTACCAGTGCGTCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGt > 2:385615/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |