Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 521,689 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 521,689 | 0 | G | C | 100.0% | 825.6 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 521,690 | 0 | C | G | 99.7% | 817.4 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (170/176); total (171/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 521,691 | 0 | T | A | 99.7% | 819.4 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (171/175); minor base G (0/1); total (171/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
TCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGA > CP042583/521411‑521970 ||| cTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCgg < 1:3054595/289‑1 (MQ=255) tGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTa < 1:1157985/284‑1 (MQ=255) cAGGCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGGGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGcaca < 2:1581766/288‑1 (MQ=255) cAGCCCTGTTTTCCGGCTAAGGCCCGCAAGGCTGTCACGCCAGGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACaa < 2:2317180/289‑1 (MQ=255) 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aTGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCgg > 2:3193579/1‑279 (MQ=255) aTTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGt < 1:2844336/236‑1 (MQ=255) tgACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCCCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACg > 1:900745/1‑289 (MQ=255) 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tttAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGTACACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTTTGTGAATTCAATCGGCTGTGGGTCACCGGTAGGCAGACGCGTAGGTTCGCGCCGCCa > 2:590275/1‑288 (MQ=255) tttAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTcg < 1:1776036/280‑1 (MQ=255) tAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCgg < 2:2286714/203‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |