Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,815,589 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,815,589 | 0 | A | T | 99.5% | 993.5 / ‑1.8 | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,815,590 | 0 | C | G | 99.5% | 983.5 / ‑2.3 | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (210/202); minor base T (1/1); total (211/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,815,591 | 0 | T | A | 98.3% | 969.6 / NA | 414 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (210/195); minor base G (0/7); total (211/203) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
TGCAGGGTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGTTACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTACTGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATACTAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATACTGAGATGTAACGGAATCGCAATGCCATTATCTTTTAATGCTGTCAGTGCGCCAGCGG > CP042583/1815312‑1815866 ||| ggTAGTGCTTGAGATAAATGCTCGGCGGGGCAGTAGAGTTAATGAAGTGATACTGAACGCCGAAGCTCACTTTTTAAAATTCGTTCTTCCATGCCCGGTAACGCTCCAGAAAACGGCTTTAATTGTTGTTATGACGCTGTTACCTCGGCAAAAGTGATTATTCACTGTTACATACGGGTTACAACGTTAAAACGGTGCAATCATAGCTATCACATTGTTAAGATACTGTGAAATCACTCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATcgcc > 2:2571700/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |