| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,819,285 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,819,285 | 0 | A | T | 99.6% | 648.4 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/141); minor base G (0/1); total (130/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,819,286 | 0 | G | C | 100.0% | 649.9 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (130/142); total (130/142) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,819,287 | 0 | T | A | 99.6% | 652.0 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (129/142); minor base C (1/0); total (130/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGAGCCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACAGTATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTAGCGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGCGTTTAGCAGCTATTTAGGTGAGGACAAAAATGCATGGCTGGAATGGGACAGTTGCGCACTGATGTATGCCAGTAACGCGCAGGATGCGATCCCGACGCTTATCGATCAGGGCGATAATGATCAGTTTCTTGCCGACCAGTTGCAACCTGCGGTA > CP042583/1819006‑1819554 ||| tAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGggtgg < 1:2091241/289‑1 (MQ=255) ccTGCAAAGACGGGAACTTCCCCCCCAAGGCGGGGGCCCAGCGGGTGGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCa < 2:2764581/289‑1 (MQ=255) aTGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTgc < 1:3066993/289‑1 (MQ=255) tGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAACTGGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTgcg < 2:2331505/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |