| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,824,942 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,824,942 | 0 | A | T | 99.7% | 834.1 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (177/169); minor base C (1/0); total (178/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,824,943 | 0 | G | C | 99.4% | 818.9 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (176/169); minor base T (2/0); total (178/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,824,944 | 0 | C | G | 99.4% | 813.4 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (175/169); total (178/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
AATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCAGCCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTACTGGCGACTGAGCCGGTAGTGAAAGCGGAAGCCAGTAAAGTAACCGTGGCTGTTGCAACCGTTGTTATCTTCGGGACCGTCGCGATTTTCCTCTACCCGGCGATATATCCGCTGA > CP042583/1824666‑1825221 ||| aaTATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCg > 2:607638/1‑289 (MQ=255) tatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCg < 1:1901351/287‑1 (MQ=255) tatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCg > 2:1901351/1‑287 (MQ=255) tatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGAt > 1:7734/1‑289 (MQ=255) cACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTc > 1:3150241/1‑289 (MQ=255) cTTACAGAAACAACATCGTACGATGTGGCATTTTTTTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTGTCACCGGGGTCGCCCTGGGGGGGGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGGTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGt < 2:1940139/289‑1 (MQ=255) cTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGt > 2:3156341/1‑289 (MQ=255) 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AATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCAGCCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTACTGGCGACTGAGCCGGTAGTGAAAGCGGAAGCCAGTAAAGTAACCGTGGCTGTTGCAACCGTTGTTATCTTCGGGACCGTCGCGATTTTCCTCTACCCGGCGATATATCCGCTGA > CP042583/1824666‑1825221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |