| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,825,494 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,825,494 | 0 | A | T | 99.7% | 909.7 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (188/194); minor base C (0/1); total (189/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,825,495 | 0 | G | C | 100.0% | 917.0 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (189/195); total (189/195) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,825,496 | 0 | C | G | 99.5% | 906.0 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (187/195); minor base A (2/0); total (189/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
CCGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACAGCTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAGGAGTCCTCGCA > CP042583/1825215‑1825783 ||| ccGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCAcc < 1:1694855/289‑1 (MQ=255) ctcAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCa < 2:746437/289‑1 (MQ=255) ctcAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCa < 1:1988026/289‑1 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACAt > 1:2251779/1‑287 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACAt > 1:1749886/1‑287 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGAAGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGGTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGAAGGCCGTGGGTAACAt > 2:289078/1‑287 (MQ=255) aaaCTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACAt > 1:3134464/1‑286 (MQ=255) tttCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTa < 2:1785354/289‑1 (MQ=255) ttCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTaa > 2:1982196/1‑289 (MQ=255) ttCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTCCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTaa < 2:2574240/289‑1 (MQ=255) cGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACg < 1:2871250/289‑1 (MQ=255) aTTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCt < 1:289078/289‑1 (MQ=255) gTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCGTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCa < 1:1278927/250‑1 (MQ=255) cTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGc > 1:553067/1‑251 (MQ=255) cTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCct > 1:2330692/1‑286 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctgctg > 1:693229/1‑288 (MQ=255) tgCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGaa > 1:2524384/1‑253 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATTCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGACAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCCTCGTAGTTGCAATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtggtg > 2:1278927/1‑250 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtggt > 2:2146577/1‑249 (MQ=255) 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cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 2:2831583/1‑288 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 1:999144/1‑288 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTCCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCCGACAGTGGTGAACATCCTGGTAACGCTTGATCTCTTTctgcttccgatgg > 2:1227996/1‑281 (MQ=255) 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ggCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTa < 2:2079350/253‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatggcgatggcg > 1:591069/1‑289 (MQ=255) gcAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGgcggcg < 1:86485/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |