Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,833,215 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,215 | 0 | G | C | 99.7% | 847.7 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,216 | 0 | C | G | 99.7% | 847.8 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (179/175); minor base T (0/1); total (179/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,217 | 0 | T | A | 99.7% | 853.4 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (179/175); minor base C (0/1); total (179/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TTCCGGCAAGCGCCGCAATAATCATCGTACTAGCCACAGTGGTTGCGCCATTTTTTCCGGCGGCAACAACAAAAGGTAAATCGCGACGACTAACTTTGGTCACGTTATGCCCTTCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATA > CP042583/1832938‑1833496 ||| ttCCGGCAAGCGCCGCAATAATCATCGTTGAAGCCACAGTGGTTGCGCCATTTTTTCCGGCGGCAACAACAAAAGGTAAATCGCGACGACTAACTTTGGTCACGTTATGCCCTTCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCGTCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAgcgc < 1:3102897/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |