| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,842,112 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,842,112 | 0 | A | T | 99.7% | 738.5 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,842,113 | 0 | G | C | 99.7% | 737.5 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/163); minor base A (0/1); total (143/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,842,114 | 0 | T | A | 100.0% | 742.1 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (143/164); total (143/164) | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AGAGCACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAAAGTCTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCAGTGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCATACATCAGGGGCGCGAAACGGACTGGAGCTTGCTGGCATTAGGCGT > CP042583/1841832‑1842392 ||| agagCACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTc < 1:801046/289‑1 (MQ=255) 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ccGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTTCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCa < 1:2770529/289‑1 (MQ=255) cGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCCGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCAATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCTGTGATAGCATGCAGTATCgcgctt > 2:2000759/1‑287 (MQ=255) cATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGGGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTTCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCAtt > 2:359405/1‑288 (MQ=255) cATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCAtt > 1:2488295/1‑288 (MQ=255) gTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGcc < 1:512195/289‑1 (MQ=255) gCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt > 2:2622452/1‑259 (MQ=255) 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gaTGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTAt < 1:2092382/288‑1 (MQ=255) gAACCTGCGGATGCGTAATGGCGGTCACTGTTTTTGCGCTTAGTTGGGGTGCCTCTCAGGAGTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCg < 2:3060637/288‑1 (MQ=255) aaaCTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGc < 1:2482567/278‑1 (MQ=255) 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> 2:1960255/1‑238 (MQ=255) gTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCATACATCAGGGGCGCGAAACGGACTggtcgttgc > 2:64170/1‑269 (MQ=255) ||| AGAGCACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAAAGTCTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCTGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCAGTGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCATACATCAGGGGCGCGAAACGGACTGGAGCTTGCTGGCATTAGGCGT > CP042583/1841832‑1842392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |