Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,842,823 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,842,823 | 0 | A | T | 99.3% | 708.7 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,842,824 | 0 | G | C | 99.7% | 709.6 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (142/156); minor base T (1/0); total (143/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,842,825 | 0 | C | G | 99.7% | 706.6 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/156); minor base A (1/0); total (143/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GGTGATGATCTGCCAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGAGCATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTGCATGTGCTGCGTTAATGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTGTTGATAGAGCCGACCGGGCTGGGCCATCCGAAACAGATCCTCGATCTGTTAACCGCACCAGTCTATGAA > CP042583/1842544‑1843104 ||| ggTGATGATCTGCCAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGAttcttc < 1:2058/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |