| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,847,481 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,847,481 | 0 | A | T | 99.4% | 817.1 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (179/162); total (180/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,847,482 | 0 | G | C | 99.7% | 811.6 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (180/163); minor base A (0/1); total (180/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,847,483 | 0 | T | A | 99.4% | 819.2 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (179/161); minor base C (0/2); total (180/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CCGTATACGCCGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGAGTGCCCTCGGCACCTTCGATAATTTCAACCGCTATGCACTGCGCGGCAACCCGGGCGCACGCACCGAGCAGCTGTACGACACGCTATTTACGACTTCCGATGACGAACCAGGCAGTTATTACCCGCTGATTGCTGAAAGCGCACGCTATGCTGACGATTATTCCTGGGTGGAGGTCGCTATTAATCCGCGCGCCCGTTTTCATGATGGTAGCCCCATTACTGCCCGCGATGTAGAGTTTACTTTTCAAAAATTTATGACCGAAGGCGTGCCGCAATTTCGT > CP042583/1847205‑1847762 ||| gTATACGCCGCAGTGGTAAGGTGTGCTTACGTCCCTTATTATTCATAGTGAAAGCATGCCGGATTGCGGCTAATGATGAGTAAAAGGAAATCCGTTGCAGATGATTGTGCGCATACTGCTGCTGTTTATCGCTCTGTTCACCTTTGGTGTGCAGGCGCAGGCTATCAAGGAAAGCTATGCCTTTGCCGTGCTGGGCGAACCCCGGTACGCGTTTAATTTCAACCATTTTGATTATGTGAACCCCGCCGCGCCAAAAGGTGGGCAGATAACGTTGTCAGCCCTCGGCa > 1:3168851/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |