Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 527,451 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 527,451 | 0 | A | T | 100.0% | 817.8 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 527,452 | 0 | G | C | 100.0% | 809.3 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (174/163); total (174/163) | |||||||||||
* | CP042583 | 527,453 | 0 | T | A | 99.7% | 816.5 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (173/163); minor base C (1/0); total (174/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TTGATAACGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTAGTATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGATGCATGCGGAATATATTCGTCACATTCCCGGATTCAGTCAGATATTACTGGCGGGAAATCTGGCGCAGGCCCGAATGATGATCGAGCGTTTTAAGCCGGGGCTAATCTTGCTCGATAACTATCTTCCTGACGGTAGAGGGATTAATTTACTGCATGAACTGGTGCAGGCGCATTATCCCGGCGACGTGGTGTTTACCA > CP042583/527173‑527731 ||| tCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGGTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTGGAAGATAATGAACCCTGCGGTACTTGATTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGaa > 2:731529/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |