Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,850,285 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,850,285 | 0 | A | T | 99.7% | 852.0 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (184/173); minor base C (1/0); total (185/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,286 | 0 | G | C | 100.0% | 845.0 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (185/173); total (185/173) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,287 | 0 | C | G | 99.7% | 842.5 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (185/172); minor base T (0/1); total (185/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
CATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAA‑ACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACC‑GATTCGCTTTGGTGCTACCAGTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTTCT > CP042583/1850009‑1850560 ||| tttACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGt < 1:851684/289‑1 (MQ=255) gctcgctgctgATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTCCTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTAGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCTGCGCCtttttt > 2:3142625/6‑289 (MQ=255) tgctgATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTgtttggtttg < 1:2189387/289‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGtt > 1:1317269/1‑289 (MQ=255) 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tttGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATaa > 1:1525630/1‑238 (MQ=255) ggTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTcc < 2:2631124/186‑1 (MQ=255) tACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTg < 2:2204265/243‑1 (MQ=255) tataTTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTc < 1:1743967/179‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |