Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,852,059 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,852,059 | 0 | A | T | 99.7% | 805.0 / NA | 336 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,852,060 | 0 | G | C | 99.7% | 805.7 / NA | 336 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (175/160); minor base A (1/0); total (176/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,061 | 0 | T | A | 99.7% | 809.4 / NA | 336 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (176/159); minor base G (0/1); total (176/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGCAGCATCATCTTTGACGGTCAGCCACTGCAAAATTTAAATCGCCGCCAGCTGTTACCTATTCGTCATCGCATTCAGGT > CP042583/1851781‑1852339 ||| cagtctacccGAACACCGCACTGGTCGGCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGACCTGCAAGGCGAGCTTAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCGCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCt < 2:421429/281‑1 (MQ=255) 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CP042583/1851781‑1852339 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |