Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,853,160 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,853,160 | 0 | A | T | 99.5% | 928.1 / ‑1.7 | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,853,161 | 0 | C | G | 99.5% | 919.5 / ‑2.2 | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/205); minor base T (1/1); total (178/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,853,162 | 0 | T | A | 99.5% | 929.0 / ‑3.2 | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (177/205); minor base G (1/1); total (178/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 |
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
CAAAATTTTTCAATCGGCATGTTGCAGCAAACTCGTCCTGGCGATTTACAAACAGGCACGGCTCACCTTCACACTCCAGCACGCTACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACGCTCCATGCATTATCACCATCCGGGCTAAGCAATTTAAGCGCCACCAGGCTGTTGTCACCGCACGGTCCATTTTGCGGAATCGGTTCAACCTTGCTACCTGCGAAACCAGCAGACCAGCGATAGTTCTGCGGCAGTCGATGGACGATACTGAGTTGTAAACTAGTCACTTATTTTCCCCGGAAGCACATTCACTTCACAATTTGTTTACATCAATTTTAACACATCATCAACAATCCGTCTTTATACAGATCGTAAAGATTGATGCCTCGCCTGCGTGGCCTCTATGGCTCTGATTTAAGTAATATCTGCGGGCGTGGTCACGTTTGCGGGGCTATATGTACCCGTTTCTGCGATCTAACTCAACCTTTTTAACTACAATGATGTGACTTTTTACATAAATTGATTTTACATAAAATAAACATATA > CP042583/1852880‑1853438 ||| aaaTTTTTCAATCGGCATGTTGCAGCAAACTCGTCCTGGCGATTTACAAACAGGCACGGCTCACCTTCACACTCCAGCACCGAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACCGACCATGCATTATCACCATCCGGGCTAAGCAATTTAAGCGCCACCAGGCTGTTGTCACCGCACGGTCCATTTTGCGGAATCGGTTCAACCTTCGAACCTGCGAAACCAGCAGACCAGCGATAGTTCTGCGGCAGTCGATGGACGATTGAGAGTTGTa < 1:1533467/289‑1 (MQ=255) 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CAAAATTTTTCAATCGGCATGTTGCAGCAAACTCGTCCTGGCGATTTACAAACAGGCACGGCTCACCTTCACACTCCAGCACGCTACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACGCTCCATGCATTATCACCATCCGGGCTAAGCAATTTAAGCGCCACCAGGCTGTTGTCACCGCACGGTCCATTTTGCGGAATCGGTTCAACCTTGCTACCTGCGAAACCAGCAGACCAGCGATAGTTCTGCGGCAGTCGATGGACGATACTGAGTTGTAAACTAGTCACTTATTTTCCCCGGAAGCACATTCACTTCACAATTTGTTTACATCAATTTTAACACATCATCAACAATCCGTCTTTATACAGATCGTAAAGATTGATGCCTCGCCTGCGTGGCCTCTATGGCTCTGATTTAAGTAATATCTGCGGGCGTGGTCACGTTTGCGGGGCTATATGTACCCGTTTCTGCGATCTAACTCAACCTTTTTAACTACAATGATGTGACTTTTTACATAAATTGATTTTACATAAAATAAACATATA > CP042583/1852880‑1853438 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |