Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,859,406 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,859,406 | 0 | A | T | 99.3% | 697.8 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,859,407 | 0 | G | C | 99.7% | 699.4 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/137); minor base T (1/0); total (159/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,859,408 | 0 | C | G | 100.0% | 702.2 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/137); total (159/137) |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTAGCCTCGTCATTGGCAGCCGTTACCTGTTTATCGCCGACTGGCCGACAACGCTTGCTGGTCGCATTTATTCCTACGTAAGCATTATCGGCCATTTCAGCTTCCTGGTGT‑TCGCCACCTACTTGCTGATCCTCTTCCCGCTGACCTTTATCGTCGGCTCCCAGAGGCTGATGAGGTTTTTGTCCGTCATTCTGGCAACGGCGGGAATGACGCTATTACTGATCGATAGCGAAGTCTTTACTCGTTTCCATCTCCATCTTAATCCCATCGTCTGGCAACTGGT > CP042583/1859127‑1859686 ||| cAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGATGGTGTTAGGCAACATGGTCACTAACCTTATCAACACCAGCATTGCCCCGGCCCAACGCCAGGCAATTGCCAACTCTTTTGCCCGCGCCTTACAGTCCTCTATCAACGAAGACAAAGCGCACTAAGGGAAACAGATAACAGGTTATGGTAACTCATCGTCAGCGCTACCGTGAAAAAGTCTCCCAGATGGTCAGTTGGGGGCACTGGTTTGCACTGTTCAATATTCTGCTTTCGCTCGTCATTgg < 2:2471639/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |