| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 531,304 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 531,304 | 0 | G | C | 100.0% | 884.2 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 531,305 | 0 | C | G | 99.5% | 877.1 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (159/210); total (161/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 531,306 | 0 | T | A | 99.7% | 891.1 / NA | 371 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/210); minor base G (1/0); total (161/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
ATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAGTGTGCGGTACTGGCGCTAAACAGCCAGAATGCCAGTGCGGTCATGGCAAAAGACCCCAGAAGGTTGACGAAAACGTTCAGTAATGCCCAGCCAAAGCGGCCCTCTTGTAACAAAAACACCACTTCTGCGCTAAATGTACTGAAGGTTGTTAGACCGCCACAAAATCCGGTGGTGATTAATACTTTCCACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGCTGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGATGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCCATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGA > CP042583/531024‑531584 ||| tGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAGTGTGCGGTTGAGGCCGAAAACAGCCAGAATGCCAGTGCGGTCATGGCAAAAGACCCCAGAAGGTTGACGAAAACGTTCAGTAATGCCCAGCCAAAGCGGCCCTCTTGTAACAAAAACACCACTTCTGCCGAAAATGtt > 2:1220116/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |