| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,885,176 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,885,177 | 0 | G | C | 99.7% | 913.7 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (181/200); total (181/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,885,178 | 0 | C | G | 100.0% | 912.9 / NA | 382 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (181/201); total (181/201) | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
TACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTA‑CCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTA > CP042583/1884897‑1885452 ||| caaCATTACCCTTGCTATCCAAACGCGCGTGGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACAGTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGt < 2:1582087/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |