| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,886,850 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,886,850 | 0 | A | T | 100.0% | 831.0 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (171/175); total (171/175) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,886,851 | 0 | G | C | 99.7% | 825.0 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (170/175); total (171/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,886,852 | 0 | C | G | 100.0% | 828.0 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (171/175); total (171/175) | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TGGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAA > CP042583/1886572‑1887128 ||| cacGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCg < 1:1808315/288‑1 (MQ=255) aGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGcc < 1:2796774/289‑1 (MQ=255) gAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGaaa > 2:2833453/1‑289 (MQ=255) aTGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAAtt < 1:1103475/289‑1 (MQ=255) 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TGGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAA > CP042583/1886572‑1887128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |