| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,894,931 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,894,931 | 0 | A | T | 99.5% | 929.5 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (207/179); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,894,932 | 0 | G | C | 99.2% | 915.3 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (205/180); minor base T (2/1); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,894,933 | 0 | T | A | 99.0% | 928.4 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (206/179); minor base C (2/2); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
CCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTATCAACTTA > CP042583/1894653‑1895213 ||| cccTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCg > 1:545619/1‑288 (MQ=255) tGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCAcc < 2:2351891/289‑1 (MQ=255) ttGCCTGACTGTACCAACAACGGTGTATGAAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCAcc < 1:1881525/284‑1 (MQ=255) aCTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACa > 1:1541580/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |