Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,895,617 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,895,617 | 0 | A | T | 99.7% | 881.0 / NA | 367 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,895,618 | 0 | G | C | 99.7% | 877.1 / NA | 367 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (195/171); minor base A (1/0); total (196/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,895,619 | 0 | T | A | 99.2% | 880.1 / NA | 367 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (194/170); minor base C (2/1); total (196/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
CCACATCATCGTTAGTCAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAAAGCGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGAGTTTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCC‑GGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATT > CP042583/1895338‑1895898 ||| catcatCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTaa > 1:1880955/1‑289 (MQ=255) catcatCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCCCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGTTGGCGGGCAACCGTGCGGGGTTTTACCCAGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCAATGCCCTTTTCGCTa > 2:393582/1‑288 (MQ=255) gtttcacAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTgg < 1:1711298/283‑1 (MQ=255) cacAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGTCATTTGCGCTAATCCGTGGCgg > 2:143891/3‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |