Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,911,297 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,911,297 | 0 | A | T | 99.8% | 987.6 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (195/213); minor base C (1/0); total (197/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,911,298 | 0 | G | C | 99.8% | 977.6 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (197/212); minor base A (0/1); total (197/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,911,299 | 0 | C | G | 100.0% | 978.6 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (197/213); total (197/213) |
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
TGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGAGTGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCAGCACACTTAACCGCAACGGCAAGAGTTGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAATTGCTGGGCTGGGTGGATCAGACCAGTTTAAAAGAGCGGCATATCACTGGGCTGCATTACAACCCGATCACTAATACTTTTAAACTCGGCCCCGGCGTGGATGTGAACTATATGCTGCACACGCAGAATAAGTGAGGTTGATGTTTGGCCGCGCCAATG > CP042583/1911018‑1911572 ||| ggcggcggcATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAAcc > 1:2485682/1‑289 (MQ=255) gcggcATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCa < 1:680587/288‑1 (MQ=255) gcggcATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCa > 2:2249904/1‑288 (MQ=255) aTTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGc < 2:146483/288‑1 (MQ=255) cgcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAagtc > 1:2003492/1‑270 (MQ=255) cgcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 1:804048/1‑289 (MQ=255) gcgAAGGGGGGACGGTGACCGGTCTGGTTATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt < 2:2194124/289‑1 (MQ=255) gcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCAGGGCAGTCTGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGGGCGCAACTGGCGAACCCAGGCGGCGATGTCTTTTTCGCGACACTTAACCGCATCGGCAAGTCAGGGCGGATGGCggtggt > 2:668524/1‑289 (MQ=255) cgcgACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTg < 1:3063061/287‑1 (MQ=255) gTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAatata > 2:1421444/1‑289 (MQ=255) tCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCg > 1:2684217/1‑237 (MQ=255) tCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTgcgc > 2:1174925/1‑289 (MQ=255) ggATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATg < 1:1220426/289‑1 (MQ=255) atatGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATgg < 1:1353532/288‑1 (MQ=255) atatGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGt > 1:1521147/1‑289 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGc < 1:2427196/234‑1 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGa > 1:1813785/1‑247 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGa < 2:1813785/247‑1 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATg > 1:2759725/1‑282 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATg < 2:2759725/282‑1 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATAGTTTGCGCATGGTGCCCa > 1:239085/1‑289 (MQ=255) gCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCa < 2:1576301/288‑1 (MQ=255) gCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCa < 1:973213/288‑1 (MQ=255) ttGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGc < 1:89637/230‑1 (MQ=255) ttGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAg > 1:132394/1‑288 (MQ=255) ttGAGCCAGTTCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCCGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTGCCCGATCCGCAGTAAGTGTTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCCCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGTCTGATGGAGGGGGTTGGTGCGGGATATCTTTTGCGCATGGTGCCCAAAg > 2:2850968/1‑288 (MQ=255) aGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAagt > 1:1005852/1‑230 (MQ=255) aTTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCa < 2:1256706/288‑1 (MQ=255) gaaGGTGGCAAAACTGAACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCatgat < 1:1267584/287‑1 (MQ=255) aaCTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCatg > 2:455613/1‑276 (MQ=255) tGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTttat > 2:702307/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |