Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,912,831 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,912,831 | 0 | G | C | 99.7% | 774.9 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (160/165); total (161/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,832 | 0 | C | G | 99.7% | 781.0 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (161/165); minor base T (0/1); total (161/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,833 | 0 | T | A | 99.7% | 777.6 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (160/165); total (161/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
AACTTTGGCATTCAACACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGGCTTGGCGGCGTTACTTCTTGGCTTCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTGCTTGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACGCTGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCACCGGACGTATTGGTCAGATTGCCATTAACCGTCACGTTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAA > CP042583/1912555‑1913108 ||| aaCTTTGGCATTCAAAGCCGGGTGGTAAGGAGGCGTGGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGGTCCGGCGTGGGAGCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCa < 2:3112998/289‑1 (MQ=255) tGGCATTCAACACCGGCTGGTAAGCGGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAAt < 1:1726119/289‑1 (MQ=255) ggCATTCAACACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAAGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCCGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAAt > 1:302258/1‑288 (MQ=255) aaCACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTaa < 1:118094/289‑1 (MQ=255) aaCACCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTaa < 1:99416/289‑1 (MQ=255) cacCGGGGGGTAGGCAGGCGTAGGTTCCGGGTGGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATg < 2:1692646/289‑1 (MQ=255) cacCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATg < 2:531439/289‑1 (MQ=255) cacCGGCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCCTTCGATTTCCGCTCACCAATCCCTGTAATg > 2:3239/1‑289 (MQ=255) gCTGGTAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCCCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGtt > 2:2582761/1‑289 (MQ=255) tAAGCAGGCGTAGGTTCCGGGTCGGGTGTTGGATCAGGATCCGGCGTGGGATCAGGATCGGGAGTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGGCGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAacc > 1:664341/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |