Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 535,356 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 535,356 | 0 | A | T | 99.7% | 818.9 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 535,357 | 0 | C | G | 99.7% | 812.3 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/161); minor base T (0/1); total (177/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 535,358 | 0 | T | A | 100.0% | 821.7 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (177/162); total (177/162) |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGACTTATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGACTAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAAACTACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGACTGCAAATTTTCTTTTCCCCAACATAGACACCTGGCGCGTCAGCCCGAGGATGCGCTTCTATACCCAGTTCAGCCAGGGTATTCACCACTGTTTGCTCAAGCAAGGTCACCAGTTCACGCACACCGAGTTTACGGCGTTTCAGGTTAAGCAACA > CP042583/535080‑535636 ||| aCTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCATTCCgg < 2:27844/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |