| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 535,482 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 535,482 | 0 | A | T | 99.7% | 879.2 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 535,483 | 0 | C | G | 99.2% | 869.5 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (193/171); total (194/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 535,484 | 0 | T | A | 99.7% | 874.5 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (194/171); total (194/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
TATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGACTTATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGACTAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAAACTACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGACTGCAAATTTTCTTTTCCCCAACATAGACACCTGGCGCGTCAGCCCGAGGATGCGCTTCTATACCCAGTTCAGCCAGGGTATTCACCACTGTTTGCTCAAGCAAGGTCACCAGTTCACGCACACCGAGTTTACGGCGTTTCAGGTTAAGCAACACATACATCACCTGTTGCCCCGGCCCGTGATAAGTCACCTGCCCACCGCGATCGCTCTGGATCACCGGAATATCACCCGGCATTAAAATGTGCTCCGCTTTTCCTGCCTGACCTTGGGTGAATACC > CP042583/535207‑535761 ||| gAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGTGAAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAATGAACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGTGAGCAAATTTTCTTTTccc < 2:178727/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |