Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,938,513 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,938,513 | 0 | A | T | 99.5% | 870.9 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,938,514 | 0 | G | C | 98.9% | 863.0 / ‑5.3 | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (190/174); minor base A (1/3); total (192/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,938,515 | 0 | T | A | 98.9% | 873.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (190/175); minor base C (2/2); total (192/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GAACGCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCAGCGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAAAGCTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAGCCATATTGTG‑TCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTA‑GGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTAGCAAGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCACTGGCAAAGCG > CP042583/1938234‑1938794 ||| gAACGCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCg < 1:988744/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |