Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,938,573 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,938,574 | 0 | G | C | 99.7% | 910.5 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (195/185); minor base A (1/0); total (196/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,938,575 | 0 | T | A | 99.5% | 918.7 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (195/184); minor base C (1/1); total (196/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
ACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCAGCGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAAAGCTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTA‑GGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTAGCA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCA‑CCACTGGCAAAGCGATGGGTGATTACGGTTGTATGCTGCGCGCCTATCGCCGTCATATTGTCGATGCGA > CP042583/1938297‑1938849 ||| acaGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATgg < 2:1752519/289‑1 (MQ=255) 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aCAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTgg < 1:1059902/288‑1 (MQ=255) aaTAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTgg < 1:914690/286‑1 (MQ=255) gTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTTTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAattatt < 2:1649333/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |