| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,938,750 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,938,750 | 0 | A | T | 99.5% | 952.8 / NA | 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (202/199); minor base C (2/0); total (204/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,751 | 0 | G | C | 98.3% | 929.2 / NA | 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/6); new base C (202/194); total (204/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,752 | 0 | C | G | 98.8% | 931.7 / NA | 404 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (198/197); total (204/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
CAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTAGCA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCACTGGCAAAGCGATGGGTGATTACGGTTGTATGCTGCGCGCCTATCGCCGTCATATTGTCGATGCGATGTTGCACTGCCATGAACGCAGCACCTTTATCCCGATTCTGGCGAATATCTTCGCCCGCCGTGCCATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACG > CP042583/1938476‑1939030 ||| aGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTAACCGGc < 2:2819583/289‑1 (MQ=255) tCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTaa < 1:473906/276‑1 (MQ=255) cgcATATGCTGGTCGAAGCCACACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGca > 1:358659/1‑288 (MQ=255) atatGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGcaccac < 1:1462744/289‑1 (MQ=255) tGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTTCGACGTGGTAGGGACCGTAAGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGGAAA‑ACC‑GGCTCCA‑AGATGATTAACCGGCTTATTccgttcctttatc > 2:473906/1‑277 (MQ=255) tGGTCGAAGCCTCACGAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGATTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGGAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCACTGGCa < 1:1896832/288‑1 (MQ=255) gTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATTCAGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTTCGA‑AGATGATTAACCGGATTATTCAGCGCCCCACTGGCaaa > 1:689564/1‑288 (MQ=255) 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CAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTAC‑GGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAA‑ACC‑GCTAGCA‑AGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCACTGGCAAAGCGATGGGTGATTACGGTTGTATGCTGCGCGCCTATCGCCGTCATATTGTCGATGCGATGTTGCACTGCCATGAACGCAGCACCTTTATCCCGATTCTGGCGAATATCTTCGCCCGCCGTGCCATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACG > CP042583/1938476‑1939030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |