Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 537,956 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 537,956 | 0 | G | C | 99.7% | 756.1 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 537,957 | 0 | C | G | 100.0% | 751.2 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/162); total (159/162) | |||||||||||
* | CP042583 | 537,958 | 0 | T | A | 98.7% | 738.1 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base A (153/160); minor base C (4/0); total (159/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAAACTCTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGGCTGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGGCTGGTTGCAGGCGTTGTGCTCGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGGCGCAGGCGTCGGTTCGCTGCCTTCCAGTACACCAGGCGCTAAGGTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTTTTTAGCGTGCTATTACTGACCGGAAGAATGTCACCCTGCGGGCCAGACACACTACTTGTTCCCGCGCCACCGCTTAAATCGGGAGGTGCAGGCAGGGCG > CP042583/537678‑538232 ||| ggtaaTTTACGGAAATGGCCACATCAGTTGCTTGCTTTACGCGACGGCGCGGAAGTAATAAATGACTGTAATGTGGCGTCGGTTTGCAAGCGTTGCTGCAAGGTACGGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCGAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACTCCGAACGTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTGTGCGAGACGGCtt < 2:57831/285‑1 (MQ=255) aTTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCgg > 1:123068/1‑289 (MQ=255) gACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCtt < 1:2545035/272‑1 (MQ=255) cgATGCCTGCTTTTCGGTTCTGGCGGGTAGTAATAAATTGCTTGAATTGGGCTTCGGGTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGAACCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAggcgaggt < 2:356826/288‑7 (MQ=255) 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cgcgGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTtgtcgacgga > 1:1626474/1‑279 (MQ=255) taataaATGACTGTAATTGGGCTTCGTGTTGAAAACGTTGCTGAACGGTACTGGCTGCGGCGTGGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCGGTGGGTACTGTTGCGCACGAGCCGGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCTGTaacaac < 2:1875092/289‑1 (MQ=255) tgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTTCGCGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCTGTAACAAGGGGcgtt > 2:2236233/4‑286 (MQ=255) tgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCtt < 1:2469270/224‑1 (MQ=255) tgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTg > 1:940178/4‑228 (MQ=255) tgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTg < 2:940178/225‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |