Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,939,613 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,939,613 | 0 | A | T | 99.7% | 772.7 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/162); minor base G (0/1); total (159/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,614 | 0 | G | C | 99.4% | 750.9 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (158/160); total (159/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,615 | 0 | C | G | 100.0% | 759.8 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/163); total (159/163) |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCGCCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAACGGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGG > CP042583/1939334‑1939893 ||| tGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTa > 1:2592367/1‑288 (MQ=255) ccTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCa > 2:2299403/1‑289 (MQ=255) ccTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCa > 2:2572442/1‑289 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 1:2470548/1‑289 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 2:722566/1‑289 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 1:2077962/1‑289 (MQ=255) cTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa > 2:2415085/1‑289 (MQ=255) 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ctgctgGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCAAAATATCGTGGTcgcg < 1:2106163/289‑1 (MQ=255) ctgctgGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCAAAATATCGTGGTcgcg < 1:3084331/289‑1 (MQ=255) ctgctgGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCAAAATATCGTGGTcgc > 1:2430735/1‑288 (MQ=255) 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CP042583/1939334‑1939893 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |