| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,953,223 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,953,223 | 0 | A | T | 99.7% | 907.4 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (182/196); minor base C (1/0); total (184/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,953,224 | 0 | G | C | 99.5% | 914.0 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (183/195); minor base A (1/1); total (184/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,953,225 | 0 | T | A | 99.5% | 902.5 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (180/196); total (184/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
TGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCAGTTGGACCGATTATCCGCTGGAAATTGTCGAAATTGGCGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCAGTGCCA > CP042583/1952949‑1953504 ||| tGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGTCAGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGTGGAAACCGCGCTGCGGATTAGCGGCTCATGGACCGATTAt > 2:313474/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |