| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,954,241 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,954,241 | 0 | A | T | 99.3% | 726.6 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (158/145); total (158/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,242 | 0 | G | C | 99.7% | 723.9 / ‑4.9 | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/145); minor base T (0/1); total (158/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,243 | 0 | C | G | 99.7% | 725.4 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (158/146); total (158/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCT > CP042583/1953964‑1954520 ||| ttGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGt > 1:1226580/1‑289 (MQ=255) 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CTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCT > CP042583/1953964‑1954520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |