Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,955,586 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,955,586 | 0 | G | C | 100.0% | 925.1 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (196/191); total (196/191) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,955,587 | 0 | C | G | 99.7% | 916.4 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (196/190); minor base T (0/1); total (196/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,955,588 | 0 | T | A | 99.5% | 914.7 / NA | 387 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (194/191); total (196/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
TCCGCCAGTTCAATCAGGCGAATAAATTCCGCCCTGTAACCCTGTGGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCGCTTTTCGCTAATTTGTTATCCGGGGCATAGCGTAACTTATCAATACTTGCTTTTTGCCCGTTCAGCGTTAATTCGAATAACAACGTTATATGTTTGCCTGCGCCTATATCCCCTGCATCAACGTTGTCGTTATTAAAATGTTCCACCCGAAGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCG > CP042583/1955308‑1955866 ||| tCCGCCAGTTCAATCAGGCGAATAAATTCCGCCCTGTAACCCTGTGGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTa > 1:1003611/1‑289 (MQ=255) tCCGCCAGTTCAATCAGGCGAATAAATTCCGCCCTGTAACCCTGTGGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTa > 1:16316/1‑289 (MQ=255) ttCAATCAGGCGAATAAATTCCGCCCTGTAACCCTGTGGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTAATTTGTTa > 1:3073505/1‑289 (MQ=255) ttCAATCAGGCGAATAAATTCCGCCCTGTAACCCTGTGGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTAATTTGTTa > 2:64995/1‑289 (MQ=255) 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tgtgGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTAATTTGTTATCCGGGGCATAGCGTAACTTATCAAttgatgctt > 1:2271443/1‑281 (MQ=255) tgGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTa < 2:1040560/245‑1 (MQ=255) tgGATCTTCCCCTTTTGCCTGCTGAGCCCACTGTTTGATCTGCTGCCAGGAGGTATTGTTCAGGTATTCAGAACCGCGTAACTTTTGCCCATATGCAGCTACTGCTGCGCGAAAACGCATATCTTCAGAGGGCGCGTTTATTGTTGGCCCCAGCGGGAATTCAACTAACTGACTTTCTTTTCCCTGCGGGTATTTCCAGCGAATTTTTAACCAGGCCAGTTCTTTCGTTTTGTCCGATTTCGCTAATTTGTTATCCg < 1:745975/257‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |