Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,958,255 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,958,255 | 0 | A | T | 98.8% | 760.6 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (155/164); minor base C (4/0); total (162/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,958,256 | 0 | G | C | 99.7% | 770.3 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (161/164); minor base T (1/0); total (162/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,958,257 | 0 | T | A | 100.0% | 781.8 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (162/164); total (162/164) |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACAGTGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTAGTGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACAGCCTCGAAGATGGCATAGATGGC‑TTCCTTGGATTGACCTGGAATCAGGAGTTAGCCGCGACAATCGACCGACTGGAAAGTCTGGA > CP042583/1957980‑1958532 ||| aCTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGGTATTTTGCAAAAATGTACTCAGAAAAGATTAACACACTGCTTGaat > 2:665054/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |