Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,958,324 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,958,324 | 0 | A | T | 100.0% | 755.8 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,958,325 | 0 | G | C | 99.4% | 739.2 / ‑2.6 | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/153); minor base T (1/1); total (160/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,958,326 | 0 | T | A | 99.7% | 744.5 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/153); minor base C (0/1); total (160/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGCGAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAATAAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACAGTGAAAAGATTAACCAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACACGCTTAGTGGATTACGCCGAC‑TGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGGCTGACAGGCACCTCTGCTTTTGATCCCGCGAAGAATGATCCGCTGAGTCGTGCCGTGCTTGGTGAACACAGCCTCGAAGATGGCATAGATGGCTTCCTTGGATTGACCTGGAATCAGGAGTTAGCCGCGACAATCGACCGACTGGAAAGTCTGGATCGAAATGAACTGCGTAAACAGTTTTCCATTAAGCGACTCAATGAAATGGAGATTTATCCGGGAGTGACCTTT > CP042583/1958045‑1958605 ||| gaTTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTACATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGAGACATGCACATTTTATTTTCACCCAACTGTTTTAAGGTGCGAAACAAGAAAATCAACGGAGGAAAAAAAAAAGGGAATGATTGGGTATTTTGCAGAATTTGACACAGAAAAGATTAAACAAATGCTTGAGTCAACTGAAGAACCTTTGATGGATAATAAACATAAAACGCTTTAAGGATTACGCCg > 2:1613187/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |