Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,960,938 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,960,940 | 0 | T | A | 99.8% | 1052.9 / NA | 433 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (203/229); minor base G (0/1); total (203/230) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 433 total aligned reads displayed.
TGATCCCCATGAAAATGGCATCAGCATCGAAGATCAAGACTTTGCAGCAAATCTCTTCCGTGTTGCTCGGAAATGTCTTAGTACGGGAAGGCTTGATGACGCACTGCCACTGTTACAGCGAGCAACAGAACAATTGCCTGAAGTCAGCGAATATTGGTTAGCACTGGCAATCCAGTATCGCCGATGTAAAAAAACAGAAGCTGCAGCACAGGCTGCGCTTAATGCTTATCTTGGCAATTGGGCATTTGGTGTTCCTGACAATAAAGTCATTCATTTGCTGAGTCAGGCCGCAGATGTCCCGAATTTCCAGGATGATCCTGTGATTCAGTGCATTAAAGAACAAGGATTAGATCTTAGCTTTGGAGGAACAAAGGAAAATAATAATTACCCCTTGATGCAGATGTGTGTTGATACTTATTTTGCGCAGAGAAAACCGCTTCAGGCATTAACCCTGTTACATAATTATGCCTGGATAATGTCCAGTGAAACGACTGCATTTCAGGAACGCTATGATTTTAATATCGATGAATGGCGGGCAAAATTCAGGCAGTTATGTTT > CP042583/1960658‑1961215 ||| tgatCCCCATGAAAATGGCATCAGCATCGAAGATCAAGACTTTGCAGCAAATCTCTTCCGTGTTGCTCGGAAATGTCTTTCAACGGGAAGGCTTGATGACGCACTGCCACTGTTACAGCGAGCAACAGAACAATTGCCTGAAGTCAGCGAATATTGGTTAGCACTGGCAATTCAGTATCGCCGATGT‑AAAAAACAGAAGCTGCAGCACAGGCTGCGCTTAATGCTTATCTTGGCAATTGGGCATTTGGTGTTCCTGACAATAAAGTCATTCATTTGCTGTCACAGGcc > 2:354795/1‑288 (MQ=255) 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TGATCCCCATGAAAATGGCATCAGCATCGAAGATCAAGACTTTGCAGCAAATCTCTTCCGTGTTGCTCGGAAATGTCTTAGTACGGGAAGGCTTGATGACGCACTGCCACTGTTACAGCGAGCAACAGAACAATTGCCTGAAGTCAGCGAATATTGGTTAGCACTGGCAATCCAGTATCGCCGATGTAAAAAAACAGAAGCTGCAGCACAGGCTGCGCTTAATGCTTATCTTGGCAATTGGGCATTTGGTGTTCCTGACAATAAAGTCATTCATTTGCTGAGTCAGGCCGCAGATGTCCCGAATTTCCAGGATGATCCTGTGATTCAGTGCATTAAAGAACAAGGATTAGATCTTAGCTTTGGAGGAACAAAGGAAAATAATAATTACCCCTTGATGCAGATGTGTGTTGATACTTATTTTGCGCAGAGAAAACCGCTTCAGGCATTAACCCTGTTACATAATTATGCCTGGATAATGTCCAGTGAAACGACTGCATTTCAGGAACGCTATGATTTTAATATCGATGAATGGCGGGCAAAATTCAGGCAGTTATGTTT > CP042583/1960658‑1961215 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |