| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,973,358 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,973,359 | 0 | C | G | 99.7% | 705.3 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (146/149); total (147/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,973,360 | 0 | T | A | 100.0% | 709.3 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (147/149); total (147/149) | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
CGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGC‑GGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTC‑GATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGC > CP042583/1973084‑1973626 ||| cGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGC‑GGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTC‑GATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAAt < 1:2726936/288‑1 (MQ=255) cAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGC‑GGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTC‑GATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATa < 1:1067435/289‑1 (MQ=255) aCCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGC‑GGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTC‑GATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACt > 2:1449174/1‑289 (MQ=255) aCCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCACGCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGC‑GGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTC‑GATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGGGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACt > 2:2239313/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |