Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,973,577 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,973,577 | 0 | G | C | 99.2% | 548.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (108/125); total (109/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,973,578 | 0 | C | G | 99.6% | 552.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (108/126); total (109/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,973,579 | 0 | T | A | 99.6% | 559.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/126); minor base G (0/1); total (109/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCC‑CAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGTCAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCGGTAGCACGC > CP042583/1973295‑1973859 ||| tccgCTCAAAAGCCGCGGTTTGTTGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACCACTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCC‑CACGACACTTGc < 2:1876511/286‑1 (MQ=255) 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aggcaTCACCGGACCC‑CACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGTCAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGAt < 1:1210505/288‑1 (MQ=255) ||| CACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCC‑CAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACTGCTCAAGAATGCGCAGACTCTGGCGCAGCTCTTCCACTTTAAGCATTACGCGGGTGTAGCAGTCAGAAACGCCACCACCCACCGGGATTTCAAAGTCGAAGTTTTCATAGCCAGAATAAGGACGCGCCTTACGCACGTCGAAGTCGATCCCGGTAGCACGC > CP042583/1973295‑1973859 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |