Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,974,603 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,974,603 | 0 | G | C | 100.0% | 855.0 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (183/176); total (183/176) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,974,604 | 0 | C | G | 99.4% | 842.2 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (181/175); total (183/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,974,605 | 0 | T | A | 99.2% | 841.7 / NA | 359 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (181/173); minor base G (0/3); total (183/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
GGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGC > CP042583/1974326‑1974883 ||| ggTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGGGTGGTTCGGACTGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTAGGt > 1:3194730/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |