Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 553,248 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 553,248 | 0 | A | T | 99.1% | 550.3 / ‑2.8 | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 553,249 | 0 | G | C | 100.0% | 548.2 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/113); total (116/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 553,250 | 0 | T | A | 100.0% | 554.4 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (116/113); total (116/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 553,251 | 0 | A | T | 100.0% | 551.8 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (116/113); total (116/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 553,252 | 0 | G | C | 100.0% | 552.0 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/113); total (116/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 553,253 | 0 | T | A | 100.0% | 551.8 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (116/113); total (116/113) |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACAGCCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCAGTAGTTCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCAGCGAGAGAGGGTTGATTTATACCCAATTCGTTGCCCAAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGAGTCGGGTCG > CP042583/552993‑553509 |||||| tGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGAttt > 1:1511593/1‑289 (MQ=255) 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tCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTGCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACa < 2:1668733/289‑1 (MQ=255) cAAGTTTATACTCATCTATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACa < 2:2062911/288‑1 (MQ=255) cTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGctc < 2:1062414/289‑1 (MQ=255) 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CP042583/552993‑553509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |