| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 556,822 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 556,822 | 0 | G | C | 99.6% | 549.7 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 556,823 | 0 | C | G | 99.6% | 547.0 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (108/124); total (109/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 556,824 | 0 | T | A | 100.0% | 557.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (109/124); total (109/124) | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAA‑AATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACG > CP042583/556539‑557089 ||| aCGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGAGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCTCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACACTGCCGATTTATCACGATGGCAAGt > 2:3026903/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |