| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 448,473 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 448,473 | 0 | A | T | 98.7% | 707.2 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,474 | 0 | G | C | 100.0% | 730.7 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (154/152); total (154/152) | |||||||||||
| * | CP042583 | 448,475 | 0 | C | G | 99.0% | 714.7 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (152/151); total (154/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGC > CP042583/448200‑448752 ||| ggcggTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATTATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTTATGTCGGTATTGGCTTCGGTTCGGCCGCCGCACCTTCCGCCTCGCTGGTGAGCGccc > 2:2833599/1‑288 (MQ=255) 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GGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGC > CP042583/448200‑448752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |