| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 562,531 | 6 bp→CGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 562,531 | 0 | G | C | 99.7% | 823.4 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 562,532 | 0 | C | G | 99.4% | 820.8 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/166); minor base A (1/1); total (178/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 562,533 | 0 | T | A | 99.4% | 826.4 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (178/165); total (178/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 562,534 | 0 | A | T | 99.4% | 826.5 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (177/166); total (178/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 562,535 | 0 | C | G | 99.7% | 825.9 / NA | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (177/167); minor base T (1/0); total (178/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 562,536 | 0 | T | A | 99.7% | 830.7 / ‑4.5 | 345 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/166); minor base . (0/1); total (178/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
CGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCGCTCTCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAG‑GCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAACAGCACGACGGCCACCACCAGCGGACGCCAGTTGCGTTTGACCAACGCCAGTGCCAGCAGGCCACTAACCATCATCAGCAGGAAGTTAATG > CP042583/562259‑562801 |||||| cGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGGGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCCGATAATCAACAAATATTTGCCCATCa > 2:2114454/1‑289 (MQ=255) 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cAGCCGGACAAACTCGCCAACGGGCACCGGATGGTTTTTGTTATAGCTATCGGCTGATTCGGAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCcgttgcg < 2:1399052/289‑1 (MQ=255) ccAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 2:3148840/289‑1 (MQ=255) cAAACGGCGACAGAGGGTTTTTGTTATATGGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGGGCGTCGAAAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCa < 2:1673261/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |