| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 451,785 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 451,785 | 0 | A | T | 99.7% | 901.2 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (185/193); minor base G (0/1); total (185/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 451,786 | 0 | G | C | 98.9% | 874.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (184/189); total (185/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 451,787 | 0 | C | G | 99.5% | 903.8 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (184/193); total (185/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
TGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGC‑GTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCAT‑CCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCC > CP042583/451508‑452055 ||| tgtgACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGaa < 2:1426400/289‑1 (MQ=255) atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGAc > 1:1700237/1‑286 (MQ=255) cggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGCTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGGGGTAAACCCGCGTGGAGTGGGGCGTTATCCGGGATTGAAGAGGCGCTggcg > 2:959141/1‑289 (MQ=255) aGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGCAGCCGTGGTAAACCAGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGATTTGAAGAGACGCGGGCGGGCGAAGCcggg > 2:225185/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |