| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 588,252 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 588,253 | 0 | G | C | 100.0% | 711.9 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (153/146); total (153/146) | |||||||||||
| * | CP042583 | 588,254 | 0 | C | G | 99.7% | 710.7 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (152/146); minor base T (1/0); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AGGATTAACGGGTAGCATTGCGGTAAATATTGCACCTTTCCGGTGTAAGACAAATTGCCGTGGTGATAACTTACCTGATAATACCCGCCGCTGGCAGTTGAGTGGCGGGAACGAAAAAGAACTTACTTATCTTCATAATATGAGTGCACAAGAAAAGGTCGGTTTAAATCCCGGTTGGCAATGCTACACCAGTTTTTTTATGCGGGTTTGCCAGGGCAAGCCCGGCACTC‑GACCGATAGTCAATGAGGATTATGTCAGCGAAAGCGGATTTTTTGGCAGCATGATGCATGTCGGGATTATTGAGTTACGACGCTGCCAGAGTGAAAATTGCCAGCAAGAATTGAAAGCGATAAATACACATTAAAATAGTGAGTCCGGGAATGAAACCCGGACCTGAACATGTCTTATTGCGTGAATGTTTCTTTCATTTGATACTGCATTTCCCAGAGTTCAGTAAGGCTAATAACTTTTCTTGTTCTTGCTTCTTCACTTTGTACCCATAAGAAAGGGTAGAACGTGAAGGCTTCCGTTGCGCTTAATTTTATTACGTCTTCTCG > CP042583/587975‑588531 ||| tAACGGGTAGCATTGCGGTAAATATTGCACCTTTCCGGTGTAAGACAAATTGCCGTGGTGATAACTTACCTGATAATACCCGCCGCTGGCAGTTGTCAGGCGGGAACGAAAAAGAACTTACTTATCTTCATAATATGTCAGCACAAGAAAAGGTCGGTTTAAATCCCGGTTGGCAATGCTACACCTCATTTTTTATGCGGGTTTGCCAGGGCAAGCCCGGCACTC‑GACCGATAGTCAATGAGGATTATGTCAGCGAAAGCGGATTTTTTGGCTCGATGATGCATGTCgg < 1:2880253/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |